Index _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | L | M | N | O | P | R | S | T | V | W _ __init__() (genvarloader.BigWigs method) (genvarloader.DatasetWithSites method) (genvarloader.RefDataset method) (genvarloader.Table method) A active_tracks (genvarloader.Dataset property) active_var_fields (genvarloader.Dataset property) alt (genvarloader.RaggedVariants property) AnnotatedHaps (class in genvarloader) ArrayDataset (class in genvarloader) available_tracks (genvarloader.Dataset property) available_var_fields (genvarloader.Dataset property) B BigWigs (class in genvarloader) C contigs (genvarloader.Dataset attribute) D data (genvarloader.Ragged attribute) Dataset (class in genvarloader) dataset (genvarloader.DatasetWithSites attribute) DatasetWithSites (class in genvarloader) deterministic (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) dtype (genvarloader.Ragged property) E empty() (genvarloader.Ragged class method) end (genvarloader.RaggedVariants property) F fetch() (in module genvarloader.data_registry) from_ak() (genvarloader.RaggedVariants class method) from_lengths() (genvarloader.Ragged static method) from_offsets() (genvarloader.Ragged static method) from_path() (genvarloader.Reference class method) from_table() (genvarloader.BigWigs class method) full_bed (genvarloader.RefDataset attribute) full_shape (genvarloader.Dataset property) G get_dummy_dataset() (in module genvarloader) get_splice_bed() (in module genvarloader) H haplotype_lengths() (genvarloader.Dataset method) haps (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) has_genotypes (genvarloader.Dataset property) has_intervals (genvarloader.Dataset property) has_reference (genvarloader.Dataset property) I ilen (genvarloader.RaggedVariants property) infer_germline_ccfs_() (genvarloader.RaggedVariants method) is_base (genvarloader.Ragged property) is_contiguous (genvarloader.Ragged property) is_empty (genvarloader.Ragged property) is_spliced (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset property) is_subset (genvarloader.Dataset property) J jitter (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) L lengths (genvarloader.Ragged property) M max_jitter (genvarloader.Dataset attribute) N n_intervals() (genvarloader.Dataset method) n_regions (genvarloader.Dataset property) n_samples (genvarloader.Dataset property) n_variants() (genvarloader.Dataset method) O offsets (genvarloader.Ragged property) (genvarloader.Reference attribute) open() (genvarloader.Dataset static method) output_length (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) P pad() (genvarloader.RaggedVariants method) pad_char (genvarloader.Reference attribute) parts (genvarloader.Ragged attribute) path (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.Reference attribute) ploidy (genvarloader.Dataset property) prepend_pad_itv() (genvarloader.RaggedIntervals method) R rag_dim (genvarloader.Ragged property) Ragged (class in genvarloader) RaggedAnnotatedHaps (class in genvarloader) RaggedDataset (class in genvarloader) RaggedIntervals (class in genvarloader) RaggedVariants (class in genvarloader) rc_() (genvarloader.RaggedVariants method) rc_neg (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) read_bedlike() (in module genvarloader) ref_coords (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) RefDataset (class in genvarloader) Reference (class in genvarloader) reference (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset attribute) (genvarloader.Reference attribute) region_names (genvarloader.RefDataset attribute) regions (genvarloader.Dataset property) reshape() (genvarloader.AnnotatedHaps method) (genvarloader.Ragged method) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) (genvarloader.RaggedVariants method) return_indices (genvarloader.Dataset attribute) rows (genvarloader.DatasetWithSites attribute) S samples (genvarloader.Dataset property) sequence_type (genvarloader.Dataset property) shape (genvarloader.AnnotatedHaps property) (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.Ragged property) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps property) (genvarloader.RaggedIntervals property) (genvarloader.RefDataset property) sites (genvarloader.DatasetWithSites attribute) sites_vcf_to_table() (in module genvarloader) SitesSchema (in module genvarloader) splice_info (genvarloader.RefDataset attribute) spliced_regions (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset property) squeeze() (genvarloader.AnnotatedHaps method) (genvarloader.Ragged method) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) (genvarloader.RaggedVariants method) start (genvarloader.RaggedVariants property) subset_to() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) T Table (class in genvarloader) to_ak() (genvarloader.Ragged method) to_dataloader() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) to_fixed_shape() (genvarloader.RaggedIntervals method) to_full_dataset() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) to_nested_tensor_batch() (genvarloader.RaggedVariants method) to_numpy() (genvarloader.Ragged method) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) to_packed() (genvarloader.Ragged method) (genvarloader.RaggedIntervals method) (genvarloader.RaggedVariants method) to_padded() (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) to_torch_dataset() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) V var_idxs (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) view() (genvarloader.Ragged method) W with_insertion_fill() (genvarloader.Dataset method) with_len() (genvarloader.Dataset method) with_length() (in module genvarloader) with_seqs() (genvarloader.Dataset method) with_settings() (genvarloader.Dataset method) with_tracks() (genvarloader.Dataset method) write() (in module genvarloader) write_annot_tracks() (genvarloader.Dataset method) write_transformed_track() (genvarloader.Dataset method)
