Index _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W _ __init__() (genvarloader.BigWigs method) (genvarloader.Constant method) (genvarloader.DatasetWithSites method) (genvarloader.DummyVariant method) (genvarloader.FlankSample method) (genvarloader.InsertionFill method) (genvarloader.Interpolate method) (genvarloader.RefDataset method) (genvarloader.Repeat5p method) (genvarloader.Repeat5pNormalized method) (genvarloader.Table method) (genvarloader.VarWindowOpt method) A active_tracks (genvarloader.Dataset property) active_var_fields (genvarloader.Dataset property) alt (genvarloader.RaggedVariants property) AnnotatedHaps (class in genvarloader) ArrayDataset (class in genvarloader) available_tracks (genvarloader.Dataset property) available_var_fields (genvarloader.Dataset property) B BigWigs (class in genvarloader) C Constant (class in genvarloader) contigs (genvarloader.Dataset attribute) D data (genvarloader.Ragged property) Dataset (class in genvarloader) dataset (genvarloader.DatasetWithSites attribute) DatasetWithSites (class in genvarloader) deterministic (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) dosage (genvarloader.RaggedVariants property) DummyVariant (class in genvarloader) E end (genvarloader.RaggedVariants property) F fetch() (in module genvarloader.data_registry) fields (genvarloader.Ragged property) FlankSample (class in genvarloader) FlatAlleles (in module genvarloader) FlatAnnotatedHaps (in module genvarloader) FlatIntervals (class in genvarloader) FlatRagged (in module genvarloader) FlatVariants (in module genvarloader) FlatVariantWindows (in module genvarloader) from_fields() (genvarloader.Ragged static method) from_path() (genvarloader.Reference class method) from_record() (genvarloader.RaggedVariants class method) from_table() (genvarloader.BigWigs class method) full_bed (genvarloader.RefDataset attribute) full_shape (genvarloader.Dataset property) G get_dummy_dataset() (in module genvarloader) get_splice_bed() (in module genvarloader) H haplotype_lengths() (genvarloader.Dataset method) haps (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) has_genotypes (genvarloader.Dataset property) has_intervals (genvarloader.Dataset property) has_reference (genvarloader.Dataset property) hash() (genvarloader.Ragged method) I ilen (genvarloader.RaggedVariants property) InsertionFill (class in genvarloader) Interpolate (class in genvarloader) is_spliced (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset property) is_string (genvarloader.Ragged property) is_subset (genvarloader.Dataset property) J jitter (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) M max_jitter (genvarloader.Dataset attribute) migrate() (in module genvarloader) migrate_svar_link() (in module genvarloader) N n_intervals() (genvarloader.Dataset method) n_regions (genvarloader.Dataset property) n_samples (genvarloader.Dataset property) n_variants() (genvarloader.Dataset method) O offsets (genvarloader.Reference attribute) open() (genvarloader.Dataset static method) output_format (genvarloader.Dataset attribute) output_length (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) P pad_char (genvarloader.Reference attribute) path (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.Reference attribute) ploidy (genvarloader.Dataset property) prepend_pad_itv() (genvarloader.RaggedIntervals method) R Ragged (class in genvarloader) RaggedAnnotatedHaps (class in genvarloader) RaggedDataset (class in genvarloader) RaggedIntervals (class in genvarloader) RaggedVariants (class in genvarloader) rc_neg (genvarloader.Dataset attribute) (genvarloader.RefDataset attribute) read_bedlike() (in module genvarloader) realign_tracks (genvarloader.Dataset attribute) ref (genvarloader.RaggedVariants property) ref_coords (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) RefDataset (class in genvarloader) Reference (class in genvarloader) reference (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset attribute) (genvarloader.Reference attribute) region_names (genvarloader.RefDataset attribute) regions (genvarloader.Dataset property) Repeat5p (class in genvarloader) Repeat5pNormalized (class in genvarloader) reshape() (genvarloader.AnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) return_indices (genvarloader.Dataset attribute) rows (genvarloader.DatasetWithSites attribute) S samples (genvarloader.Dataset property) scalar_for() (genvarloader.DummyVariant method) sequence_type (genvarloader.Dataset property) shape (genvarloader.AnnotatedHaps property) (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps property) (genvarloader.RaggedIntervals property) (genvarloader.RefDataset property) sites (genvarloader.DatasetWithSites attribute) sites_vcf_to_table() (in module genvarloader) SitesSchema (in module genvarloader) splice_info (genvarloader.RefDataset attribute) spliced_regions (genvarloader.Dataset property) (genvarloader.RefDataset property) squeeze() (genvarloader.AnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) start (genvarloader.RaggedVariants property) subset_to() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) T Table (class in genvarloader) to_chars() (genvarloader.Ragged method) to_dataloader() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) to_fixed_shape() (genvarloader.RaggedIntervals method) to_full_dataset() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) to_nested_tensor() (in module genvarloader) to_nested_tensor_batch() (genvarloader.RaggedVariants method) to_numpy() (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) to_packed() (genvarloader.RaggedIntervals method) to_padded() (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps method) (genvarloader.RaggedIntervals method) to_strings() (genvarloader.Ragged method) to_torch_dataset() (genvarloader.Dataset method) (genvarloader.RefDataset method) U update() (in module genvarloader) V var_idxs (genvarloader.AnnotatedHaps attribute) (genvarloader.RaggedAnnotatedHaps attribute) VarWindowOpt (class in genvarloader) W with_insertion_fill() (genvarloader.Dataset method) with_len() (genvarloader.Dataset method) with_length() (in module genvarloader) with_output_format() (genvarloader.Dataset method) with_seqs() (genvarloader.Dataset method) with_settings() (genvarloader.Dataset method) with_tracks() (genvarloader.Dataset method) write() (in module genvarloader) write_transformed_track() (genvarloader.Dataset method)
